委员会下设10个专项小组。根据《中共牡丹江市委全面深化改革委员会专项小组工作规则》，专项小组可根据实际工作需要设立改革专题组（改革专班），负责重点改革任务（含重大改革试点）的专题攻坚。专项小组成员单位、改革专题组（改革专班）的设立和调整，由专项小组确定，报区委深改办备案。

      1.经济体制改革专项小组

      组  长：张耀斌

      副组长：姚景林  刘文军  周海燕

      经济体制改革专项小组办公室设在区发改局。

      2.民生领域改革专项小组

      组  长：张耀斌

      副组长：姚景林  刘文军  周海燕

      民生领域改革专项小组办公室设在区人社局。

      3.现代农业综合配套改革专项小组

      组  长：伊晓红

      副组长：刘文军

      现代农业综合配套改革专项小组办公室设在区农业农村局。

      4.民主法治领域改革专项小组

      组  长：伊晓红

      副组长：郑晓红  王  瑶

      民主法治领域改革专项小组办公室设在区委统战部。

      5.文化体制改革专项小组

      组  长：王丽华

      副组长：周海燕

      文化体制改革专项小组办公室设在区委宣传部。

      6.纪律检查体制改革专项小组

      组  长：李维秋

      副组长：王  梅

      纪律检查体制改革专项小组办公室设在区纪委监委。

      7.生态文明体制改革专项小组

      组  长：姚景林

      副组长：刘文军

      生态文明体制改革专项小组办公室设在区住建局。

      8.行政管理体制改革专项小组

      组  长：李晓东

      副组长：姚景林

      行政管理体制改革专项小组设在区委编办。

      9.社会体制改革专项小组

      组  长：施秀江

      副组长：周  涛  张克强  孙永文  于  光  刘海超

      社会体制改革专项小组办公室设在区委政法委。

      10.党的建设制度改革专项小组

      组  长：李晓东

      副组长：孔  速

      党的建设制度改革专项小组办公室设在区委组织部。